Uma dica legal. Sabe quando você cria um controle aspx? Além do arquivo .aspx são criados também arquivos .aspx.cs e aspx.cs.designer, ficando agrupados abaixo do arquivo aspx.
Bom, podemos incluir neste agrupamente outros tipos de arquivos, basta editar a seguinte chave do registro do Windows:
Incluindo nela uma chave que represente a extensão desejada, como, por exemplo, .js ou .xsd. Assim, se criarmos um controle bla.aspx e um arquivo bla.aspx.js, este ficará na mesma árvore daquele.
Fonte: http://extraview.co.uk/blog/default,month,2006-07.aspx